Daugiau nei pusė Nacionalinės M. K. Čiurlionio menų mokyklos moksleivių mokosi muzikos skyriuje. Baigę meninių dalykų programą, kartu su bendruoju ugdymu, šiame skyriuje mokiniai renkasi meno studijas Lietuvos bei užsienio šalių aukštosiose mokyklose, įsilieja į profesionalių kolektyvų veiklą. Aukštą meninio profesinio mokinių pasirengimo lygį rodo pianistų, stygininkų, pūtikų bei choro dirigavimo ir dainavimo mokinių pasiekimai respublikiniuose ir tarptautiniuose konkursuose, yra nuolat tobulinamos moksleivių ugdymo sąlygos, dedami profesionalūs jaunųjų menininkų muzikantų rengimo pagrindai. Mokinių profesinei brandai didelės reikšmės turi intensyvi meno kolektyvų veikla. Mokykloje yra mažasis ir didysis chorai, simfoninis orkestras, smuikininkų ansamblis. Jie nuolat koncertuoja šalies ir užsienio valstybėse. Mokiniai ugdomi puoselėti senąsias mokyklos tradicijas, sudaromos puikios sąlygos tobulėti kiekvienai talentingai asmenybei.

Muzikos skyriuje mokoma šių meno šakos dalykų : fortepijono, smuiko, violončelės, kontraboso, alto, arfos, fleitos, obojaus, klarneto, fagoto, saksofono, trimito, valtornos, trombono, tūbos, mušamųjų instrumentų, eufonijos, chorinio dainavimo ir dirigavimo, kamerinio ansamblio ir akompanimento; nuo 9-os klasės yra galimybė mokytis muzikos kūrybos.